Permohonan lesen gudang hendaklah dikemukakan kepada Pejabat Kastam yang berhampiran dengan premis gudang dan tertakluk kepada syarat-syarat serta prosedur permohonan yang ditentukan. Peringkat pertimbangan untuk kelulusan lesen gudang adalah bergantung kepada kategori gudang. Gudang Berlesen Awam dipertimbangkan diperingkat Kementerian Kewangan,manakala gudang berlesen persendirian dipertimbangkan diperingkat Ibu Pejabat Kastam,Putrajaya dan gudang PEKEMA oleh Pengarah Kastam Negeri. Bagi permohonan yang diluluskan,bayaran lesen Gudang akan dikenakan sebanyak RM 1,200 setahun dan bagi agensi kerajaan bayaran lesen sebanyak RM120.00 setahun.
1. Seksyen 65 Akta Kastam 1967
(1) Ketua Pengarah boleh, menurut budi bicara mutlaknya, apabila dibayar fee sebagaimana yang ditetapkannya dalam setiap hal, member suatu lessen kepada mana-mana orang, yang kemudian daripada ini disebut pemegang lesen dalam seksyen ini, dan apabila diberi menarik balik mana-mana lesen, untuk penggudangan barang-barang yang dikenakan duti kastam dan barang-barang lain dalam sesuatu tempat atau tempat-tempat yang dinyatakan dalam lesen itu.
(2) Mana-mana lessen itu hendaklah bagi sesuatu tempoh dan tertakluk kepada apa-apa syarat sebagaimana yang dinyatakan oleh Ketua Pengarah dalam setiap hal dalam lessn itu.
(3) Pegawai kanan kastam atau mana-mana pegawai kastam yang diwakilkannya bagi maksud itu, hendaklah pada sepanjanmasa ada akses pada mana-mana gudang berlesen.
(4) Jika didapati pada bila-bila masa bahawa dalam mana-mana gudang berlesen atau mana-mana bahagiannya ada kekurangan kuantiti barang-barang berduti yang sepatutnya didapati di dalam gudang berlesen itu, pemegang lesen gudang itu hendaklah, jika tiada bukti sebaliknya, dianggap telah memindahkan dengan menyalahi undang-undang barang-barang itu dan hendaklah, tanpa menyentuh mana-mana prosiding di bawah Akta ini, membayar kepada pegawai kastam yang hak duti kastam yang boleh dilevikan ke atas barang-barang yang didapati berkurangan itu.
Dengan syarat bahawa jika dibuktikan dengan memuaskan hati Ketua Pengarah bahawa kekurangan itu adalah disebabkan oleh kebocoran, kepecahan yang tidak dapat dielakkan atau kemalangan lain, Ketua Pengarah boleh meremitkan keseluruhan atau mana-mana bahagian duti kastam yang boleh dilevi ke atas barang-barang yang didapati berkurangan itu.
2. KATEGORI GUDANG BERLESEN
Gudang berlesen yang terdapat di Negara ini terdiri daripada kategori-kategori berikut:-